Program PGSD berdiri pada 17 Oktober 2014. Visi dan misi PGSD adalah untuk mencetak guru sekolah dasar yang profesional, berkarakter, dan mampu meningkatkan mutu pendidikan di Kabupaten Alor. Kurikulumnya disusun sesuai Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT), dengan penekanan pada penguasaan pedagogi, praktik lapangan melalui PPL, serta pembinaan karakter dan integritas mahasiswa. Saat ini, PGSD telah terakreditasi “C” oleh BAN-PT dan terus meningkatkan mutu melalui sistem penjaminan mutu internal kampus.
Program Studi Pendidikan Matematika berdiri pada 17 Oktober 2014 dan berakar pada misi Muhammadiyah untuk mencetak pendidik matematika yang kompeten serta berkarakter. Prodi ini memiliki visi dan misi menghasilkan guru matematika profesional yang mampu berkontribusi pada peningkatan kualitas pendidikan di Kabupaten Alor. Kurikulumnya dirancang sesuai SNPT dengan penekanan pada penguasaan konsep matematika, keterampilan pedagogik, strategi pengajaran, serta praktik lapangan. Secara akademik, prodi ini tercatat di SINTA dengan kode 84202 sebagai bentuk pengakuan terhadap aktivitas publikasi ilmiah dosen dan mahasiswa.
Program Studi Pendidikan Kepelatihan Olahraga (PKO) merupakan prodi S-1 yang berdiri pada Agustus 2024 melalui SK Kemenristek 461/E/O/2024. Dengan visi mencetak tenaga kepelatihan olahraga yang profesional dan berkarakter Islami, prodi ini mengemban misi meningkatkan kompetensi teknik, teori, dan manajemen olahraga berbasis kebutuhan daerah. Kurikulumnya menekankan keterampilan kepelatihan, perwasitan, biomekanika, serta manajemen event olahraga termasuk olahraga tradisional Alor. Prodi PKO sedang dalam proses akreditasi awal, dan hadir untuk melahirkan lulusan yang mampu menjadi pelatih, instruktur, dan penggerak industri olahraga di tingkat lokal maupun nasional.
Program Studi Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (PPKn) berdiri pada 2025 melalui izin Kemendikbud SK 424/B/O/2025, dengan visi melahirkan pendidik dan penggerak kebangsaan yang berkarakter Islami. Misi: Menyiapkan guru PPKn profesional untuk jenjang SD–SMA serta kader yang memahami demokrasi, HAM, dan dinamika sosial. Kurikulumnya berfokus pada pedagogik, nilai-nilai Pancasila, demokrasi partisipatif, dan teknologi pembelajaran berciri Muhammadiyah. Saat ini berada dalam tahap akreditasi awal, PPKn STKIP Muhammadiyah Kalabahi diharapkan menghasilkan lulusan yang kritis, bertanggung jawab, dan siap berkontribusi dalam pendidikan maupun ruang-ruang publik kebangsaan.
